平成６年の地域保健法改定の際に、「地域保健対策の推進に関わる基本的な指針（以下、基本指針）」が示されました。その後、災害の頻発、介護保険制度や健康増進法の施行、児童虐待防止、特定健診の導入などにより、数回の改正がされました。平成２７年度に改正された基本指針が現在の指針であり、「住民主体の健康なまちづくり」、「医療や介護福祉等の関連施策連携の推進」、「健康危機管理体制の強化」、「地域保健対策におけるＰＤＣＡサイクルの確立」、「国、都道府県・保健所、市町村による分野横断的・重層的な連携体制の構築」、がキーワードとなっています。

また、市町村保健センターの運営に関しても述べられています。そこでは、「住民のニーズに応じた計画的な事業の実施を図ること」「保健、医療、福祉の連携を図り、総合的な機能を備えること」「地域のＮＰＯ、民間団体等に係るソーシャルキャピタルを活用した事業の展開に努めること」「地域の専門職能団体、医療機関、学校、企業等との十分な連携及び協力を図ること」などが示されており、市町村保健センターの運営、事業に関して、連携、協働が強調されています。