保健医療対策研究の推進
国立保健医療科学院においては、人材育成の充実、厚生労働省の政策への提言、政策立案に当たっての科学的根拠の提供及び政策の科学的評価等のため、分野横断的に、各研究者が協力して調査研究を進めています。
疾病予防と健康の保持・増進
臨床研究の推進・評価
健康危機管理
子育て関係
生活環境関係
厚生労働科学研究の推進
厚生労働科学研究の研究成果を広く国民に情報公開するための方策の一つとして、厚生労働科学研究費補助金等で実施された研究事業の概要版（抄録）および報告書本文のデータベース化を進めています。
国際協力の推進
国立保健医療科学院はWHOの指定協力研究センターに4専門分野及び 図書館が登録されており、WHO本部やWHO西太平洋地域事務局等と連携して保健医療等に関する調査研究を進めています。
世界保健機関（WHO）等の国際機関や国際協力機構（JICA）、諸外国政府からの要請に基づき、公衆衛生分野の研究者、研修員を海外から受け入れています。また、JICAなどが行う国際協力活動にも数多く参画し、専門家の派遣や研修員の受入を行っています。