本院においては、世界保健機関（WHO）等の国際機関や国際協力事業団（JICA）、諸外国政府からの要請に基づき、公衆衛生分野の研究者、研修員、学生を海外から受け入れてきました。また、JICAなどが行う国際協力・援助活動にも数多く参画し、専門家の派遣や研修員の受け入れを行っています。
また、世界的な公衆衛生技術者の需要が量・質ともに高まっていることから、JICA、その他の機関と共同で、公衆衛生領域の人材開発を推進するための集団研修コースなどの教育プログラムの提供を行ってきたほか、平成12年度からは専門課程に外国人の入学を認め、同年度以降、継続的に受け入れを行ってきています。
さらに、本院は、アジア太平洋公衆衛生学術協議会（Asia-Pacific Academic Consortium for Public Health,APACPH）の一員ともなっています。
なお、国際機関との協力については、WHOから「地域への上水道の整備に関する協力センター」（生活環境研究部水管理研究分野） 、及び「医療施設計画協力センター」（国際協力研究部）に指定され、平成26年5月には「たばこ製品の成分規制に関する研究協力センター」（生活環境研究部衛生環境管理研究領域） にも指定されました。さらに国連環境計画（UNEP）に関しても、化学物質汚染、大気・水質監視などに関する拠点機関の一つとして活動しています。その外、さまざまな領域で専門委員や技術顧問として職員を国際的に派遣しています。
一方、政府間協力協定に基づき、米国、ドイツ、韓国、中国などと積極的に科学技術分野の研究協力を行っており、その成果はそれぞれの国内はもちろんのこと多くの国際会議でも発表され高い評価を受けています。