連携大学院は、科学院と大学との間で協定を締結し、科学院の研究者が大学の客員教員として大学院学生の研究指導を行う制度であり、科学院の施設・設備を利用して研究を行うことができます。また、双方の研究者が活発な交流を図ることで、我が国の公衆衛生の向上に寄与しております。

（令和７年４月１日現在）

連携大学院名	協定締結日
東京科学大学情報理工学院	平成２６年４月１日
女子栄養大学大学院	平成２６年６月２７日
東京大学大学院医学系研究科	平成２７年２月２７日
京都大学大学院医学研究科	平成２７年７月１日
筑波大学大学院人間総合科学研究科	平成２９年１月２４日
東京大学大学院新領域創成科学研究科	令和６年４月１日
明治薬科大学大学院薬学研究科	令和６年４月１日
東洋大学大学院食環境科学研究科	令和７年４月１日