公衆衛生における国際協力は重要であり、国立保健医療科学院は、世界保健機関（WHO）、経済協力開発機構（OECD）、国際協力機構（JICA）等の国内外の関係機関と協力しつつ、研修の積極的な実施、国際的な政策立案への関与等を進めています。
 特に国立保健医療科学院はWHOの指定協力研究センターに２専門分野が登録されておりWHO本部やWHO西太平洋地域事務局等と連携して、保健医療等に関する調査研究を推進しています。

・WHO Collaboration Center for Integrated People-Centered Service Delivery
 （WHO西太平洋事務局との連携による保健医療サービスの提供体制等の研究及び人材育成の推進）
・WHO Collaboration Center for Tabacco Testing and Research
 （たばこ製品の分析法の開発）