国立保健医療科学院の所掌事務に係る養成及び訓練並びにこれに対する学理の応用の調査及び研究に関する専門的事項の総括に関する事務を行う。

国立保健医療科学院の所掌事務のうち、保健医療及び生活衛生並びにこれに関連する社会福祉（以下、「保健医療等」という。）に関する政策及び技術に対する科学的評価、研究の動向の分析及び統計の高度利用に係るものをつかさどる。

国立保健医療科学院の所掌事務のうち、生涯にわたる疾病及び障害の予防、健康の保持及び増進並びに保健指導に係るものをつかさどる。

国立保健医療科学院の所掌事務のうち、医療サービス又は福祉サービスに係るものをつかさどる。

国立保健医療科学院の所掌事務のうち、生活環境に係る保健衛生に係るものをつかさどる。

国立保健医療科学院の所掌事務のうち、健康危機管理に係るものをつかさどる。

国立保健医療科学院の所掌事務のうち、保健医療等に関する国際協力の企画、調整、実施及び評価に関すること、保健医療等に関する国外の情報の収集及び分析並びに国際保健活動に携わる人材の育成技術に関することをつかさどる。

国立保健医療科学院の所掌事務のうち、保健医療等に関する情報の収集、評価、利用及び提供に係るものをつかさどる。